8 мая 2002 года, приказом ректора ТГТУ №60-04, был создан отдел управления качеством. Отдел управления качеством являлся самостоятельным структурным подразделением, обеспечивающим разработку и поддержание в рабочем состоянии системы менеджмента качества университета. В 2013 году отдел вошел в состав Управления правового обеспечения, делопроизводства и менеджмента качества на правах структурного подразделения. С 2014 года, в результате реорганизации структурных подразделений университета, отдел является самостоятельным структурным подразделением в прямом подчинении первого проректора.